口腔菌系是由口腔中各種細菌共同組成的。口腔中的細菌種類繁多，可以這樣說，空氣中有多少種細菌，口腔中就有多少種細菌。除此之外，口腔細菌還可來源于水和食物。

      有專家作過研究，認為口腔中的細菌具有致病性的起碼有十幾種。在正常情況下，大多數細菌不具有致病性。只有當人患了疾病，引起機體抵抗力下降，或因為患某種感染性疾病而服用大量抗生素，平時不具有致病性的細菌，就可引起口腔疾病，醫學上稱這種情況為菌群失調。如霉菌性口炎就是菌群失調引起的病變。因此，致病性細菌和非致病性細菌是相對的。非致病細菌不是絕對不致病。

      另有學者對口腔唾液作了細菌學研究，結果發現每毫升唾液中的細菌數可達1.5億。不過口腔唾液中的細菌數量不是恒定不變的。還有人作過這樣的研究，認為人的口腔細菌數量在一天當中有幾次變化，細菌數量最高是在三餐前，最低是在刷牙后。所以足以說明，保持口腔清潔衛生，特別是刷好牙，對預防口腔疾病有重要意義。